Đặc biệt, lực lượng Tham mưu CAND đã tập trung nghiên cứu, đổi mới toàn diện công tác nghiệp vụ cơ bản và tham mưu Bộ ban hành các chỉ thị, quy định về công tác này để triển khai thực hiện trên toàn quốc. Lực lượng Tham mưu CAND, đặc biệt là Tham mưu Công an các đơn vị, địa phương đã kịp thời tham mưu giải quyết có hiệu quả các vấn đề phức tạp về an ninh, trật tự, nhất là tình hình tranh chấp, khiếu kiện, hoạt động các thế lực phản động và các loại tội phạm nguy hiểm khác. Công tác tham mưu không ngừng được cải tiến, đổi mới và phát triển; tăng cường ứng dụng khoa học - kỹ thuật vào thu nhận, nghiên cứu, tổng hợp, phân tích, đánh giá, dự báo tình hình; bước đầu đổi mới công tác tham mưu tổ chức các hội nghị, chương trình tập huấn theo hướng triệt để ứng dụng công nghệ thông tin; bổ sung, sửa đổi, hoàn thiện quy chế, quy định, quy trình công tác; chủ động quán triệt và tham mưu thực hiện các chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, Nhà nước.
Bên cạnh đó, giai đoạn này chứng kiến sự phát triển, trưởng thành vượt bậc của lực lượng Tham mưu CAND về tổ chức, lực lượng và công tác theo hướng tinh gọn, mạnh, hiệu lực, hiệu quả với nhiều dấu mốc quan trọng:
+ Từ năm 1998 đến năm 2018: Để thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của Công an trong thời kỳ đầu đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa, ngày 07/5/1998, kỳ họp thứ 3, Quốc hội khóa X đã thông qua Nghị quyết số 13-1998/NQ-QH10 đổi tên Bộ Nội vụ thành Bộ Công an; Chính phủ ban hành Nghị định số 37-1998/NĐ-CP, ngày 09/6/1998 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy Bộ Công an, theo đó Bộ Công an có Văn phòng Bộ và 6 Tổng cục. Trong các Tổng cục có Văn phòng Tổng cục hoặc Cục Tham mưu; trong Bộ Tư lệnh và các Vụ, Cục trực thuộc có Phòng Tham mưu; Công an tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có Văn phòng Công an tỉnh, thành phố và cơ bản duy trì ổn định hệ thống cơ quan Tham mưu trong CAND.